L’UEY est dirigée par le Bureau qui comprend le président, le vice-président, le trésorier et le secrétaire.

Le Comité Exécutif, élu par l’assemblée générale, est composé du conseil d’administration et des coordinateurs des équipes, lesquelles travaillent sur de multiples projets dans les domaines Communication, Éducation, Recherche, Rencontre,  Zinal. Tous les postes sont pourvus par des délégués de chaque fédération nationale, membre ordinaire ou associé de l’UEY.

L’Assemblée générale est composée d’un délégué élu de chaque fédération:  Assemblée Générale

Un audit interne est réalisé chaque année sous la supervision de Gert-Jan Overdijkink et Roland Haag.